MTK-Etelä-Pohjanmaan asioita hoitaa 9-jäseninen johtokunta. Sen jäsenet valitaan liiton syyskokouksessa kolmivuotiskaudeksi kerrallaan. Johtokunta valitsee liiton puheenjohtajan ja varapuheenjohtajan keskuudestaan vuoden ensimmäisessä järjestäytymiskokouksessaan. Johtokunta on myös asettanut liitolle valiokuntia ja työryhmiä.